| Bsoft 2.0.5 Bernard's software package

### - a -

- absolute() : Vector3.h
- abtori() : fft_tool.cpp , fft_tool.h
- add_item() : linked_list.h , linked_list.cpp
- affin_prop_clustering() : cluster.h , cluster.cpp
- afm_force_to_height() : bafm.cpp
- afm_generate_tip() : bafm.cpp
- afm_simulate() : bafm.cpp
- afm_simulate_at_xy() : bafm.cpp
- alignAverageFrames() : bshow_tomo.tcl
- alignParticles() : bshow_boxes.tcl
- alpha_find_center() : mol_alpha.h , mol_alpha.cpp
- alpha_find_orientation() : mol_alpha.h , mol_alpha.cpp
- ang_one_two() : radon_util.cpp , radon_util.h
- angle_add() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- angle_kill() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- angle_set_negPI_to_PI() : utilities.h , utilities.cpp
- angle_type_add() : rwmd.cpp
- animateSlices() : bshow_magnify.tcl
- append_item() : linked_list.h , linked_list.cpp
- append_project() : rwmg.cpp , rwmg.h
- appendParam() : bshow_param.tcl
- asymmetric_unit_views() : symmetry.h , symmetry.cpp
- atom_add() : rwmolecule.cpp , rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- atom_clean_type() : rwmolecule.cpp , rwmolecule.h
- atom_count() : rwmolecule.cpp , rwmolecule.h
- atom_get_array() : mol_util.h , mol_util.cpp
- atom_nonbonded_forces() : mol_md.h , mol_md.cpp
- atom_type_add() : rwatomprop.cpp , rwatomprop.h
- atom_type_kill() : rwatomprop.h , rwatomprop.cpp
- autoCTFfit() : bshow_ctf.tcl
- autoScale() : bshow_scales.tcl