<?xml version='1.0' encoding='UTF-8' standalone='no'?>
<section xmlns="http://docbook.org/ns/docbook" version="5.0" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xml:id="_btomaln_8cpp">
<title>/Users/bernard/b20/bsoft/src/btomaln.cpp File Reference</title>
<indexterm><primary>/Users/bernard/b20/bsoft/src/btomaln.cpp</primary></indexterm>
<para>

<para>Program to do fiducialless alignment of a tilt series. </para>
 
</para>
<programlisting>#include &quot;mg_processing.h&quot;
#include &quot;mg_align.h&quot;
#include &quot;mg_tomography.h&quot;
#include &quot;rwmg.h&quot;
#include &quot;rwimg.h&quot;
#include &quot;utilities.h&quot;
#include &quot;options.h&quot;
#include &quot;timer.h&quot;
</programlisting><simplesect>
    <title>Functions    </title>
        <itemizedlist>
            <listitem><para>int <link linkend="_btomaln_8cpp_1a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627">main</link> (int argc, char **argv)</para>
</listitem>
        </itemizedlist>
</simplesect>
<simplesect>
    <title>Variables    </title>
        <itemizedlist>
            <listitem><para>int <link linkend="_btomaln_8cpp_1a0b2caeb4b6f130be43e5a2f0267dd453">verbose</link></para>
</listitem>
            <listitem><para>const char * <link linkend="_btomaln_8cpp_1a4de0ad4c7190962494815c0fa7f948df">use</link> []</para>
</listitem>
        </itemizedlist>
</simplesect>
<section>
<title>Detailed Description</title>

<para>Program to do fiducialless alignment of a tilt series. </para>

<para><formalpara><title>Author: </title>

<para>Bernard Heymann </para>
</formalpara>
<formalpara><title>Date: </title>

<para>Created: 20040407 </para>

<para>Modified: 20190219 </para>
</formalpara>
</para>
</section>
<section>
<title>Function Documentation</title>
<anchor xml:id="_btomaln_8cpp_1a3c04138a5bfe5d72780bb7e82a18e627"/>    <section>
    <title>main()</title>
<indexterm><primary>main</primary><secondary>btomaln.cpp</secondary></indexterm>
<indexterm><primary>btomaln.cpp</primary><secondary>main</secondary></indexterm>
<para><computeroutput>int main (int argc, char ** argv)</computeroutput></para><para>
Definition at line 53 of file btomaln.cpp.</para>
</section>
</section>
<section>
<title>Variable Documentation</title>
<anchor xml:id="_btomaln_8cpp_1a4de0ad4c7190962494815c0fa7f948df"/>    <section>
    <title>use</title>
<indexterm><primary>use</primary><secondary>btomaln.cpp</secondary></indexterm>
<indexterm><primary>btomaln.cpp</primary><secondary>use</secondary></indexterm>
<para><computeroutput>const char* use[]</computeroutput></para><emphasis role="strong">Initial value:</emphasis><programlisting>=&#32;{
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;Usage:&#32;btomaln&#32;[options]&#32;input.star&#32;[input.star]&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;------------------------------------------------&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;Aligns&#32;a&#32;tilt&#32;series&#32;of&#32;micrographs&#32;by&#32;progressive&#32;reconstruction.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;Actions:&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-align&#32;5,1.5,8&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Align&#32;micrographs:&#32;number&#32;of&#32;iterations,&#32;stopping&#32;change,&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;and&#32;number&#32;of&#32;adjacent&#32;images&#32;for&#32;limited&#32;reconstructions&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;(defaults&#32;1&#32;and&#32;±&#32;5&#32;images).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-lambda&#32;2650&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Calculate&#32;thickness&#32;from&#32;proportionality&#32;coefficient&#32;(in&#32;angstrom).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;Parameters:&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-verbose&#32;7&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Verbosity&#32;of&#32;output.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-datatype&#32;u&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Force&#32;writing&#32;of&#32;a&#32;new&#32;data&#32;type.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-thickness&#32;235&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Reconstruction&#32;thickness&#32;(default&#32;20%&#32;of&#32;x&#32;size).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-sampling&#32;1.5,1.5,1.5&#32;&#32;&#32;&#32;Sampling&#32;(A/pixel;&#32;a&#32;single&#32;value&#32;can&#32;be&#32;given).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-resolution&#32;900,300&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;High&#32;and&#32;low&#32;resolution&#32;limits&#32;for&#32;cross-correlation&#32;(default&#32;0.1,1000&#32;angstrom).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-shiftlimit&#32;155.5&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Limit&#32;on&#32;micrograph&#32;shift&#32;search&#32;in&#32;pixels&#32;(default&#32;25%&#32;of&#32;micrograph&#32;width).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-origin&#32;110,50,44&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Origin&#32;for&#32;tilt&#32;axis&#32;(default&#32;0,0,0).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-edge&#32;23,12&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Smooth&#32;the&#32;edge&#32;to&#32;a&#32;given&#32;width,&#32;with&#32;gaussian&#32;decay&#32;of&#32;a&#32;given&#32;width.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-fill&#32;127&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Fill&#32;value&#32;for&#32;particles&#32;extending&#32;beyond&#32;image&#32;(default&#32;background).&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;Output:&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-output&#32;file.star&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Output&#32;parameter&#32;file.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;-image&#32;file.pif&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;&#32;Output&#32;multi-image&#32;file&#32;with&#32;aligned&#32;images.&quot;</emphasis>,
<emphasis role="stringliteral">&quot;&#32;&quot;</emphasis>,
NULL
}
</programlisting><para>
Definition at line 22 of file btomaln.cpp.</para>
    </section><anchor xml:id="_btomaln_8cpp_1a0b2caeb4b6f130be43e5a2f0267dd453"/>    <section>
    <title>verbose</title>
<indexterm><primary>verbose</primary><secondary>btomaln.cpp</secondary></indexterm>
<indexterm><primary>btomaln.cpp</primary><secondary>verbose</secondary></indexterm>
<para><computeroutput>int verbose</computeroutput></para></section>
</section>
</section>
