| Bsoft 2.0.5 Bernard's software package

Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

### - a -

- absolute() : Vector3.h
- abtori() : fft_tool.cpp , fft_tool.h
- add_item() : linked_list.h , linked_list.cpp
- affin_prop_clustering() : cluster.h , cluster.cpp
- afm_force_to_height() : bafm.cpp
- afm_generate_tip() : bafm.cpp
- afm_simulate() : bafm.cpp
- afm_simulate_at_xy() : bafm.cpp
- alignAverageFrames() : bshow_tomo.tcl
- alignParticles() : bshow_boxes.tcl
- alpha_find_center() : mol_alpha.h , mol_alpha.cpp
- alpha_find_orientation() : mol_alpha.h , mol_alpha.cpp
- alpha_template : mol_alpha.cpp
- ang_one_two() : radon_util.cpp , radon_util.h
- ANG_SAMP : rwSUPRIM.h
- angle_add() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- angle_kill() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- angle_set_negPI_to_PI() : utilities.h , utilities.cpp
- angle_type_add() : rwmd.cpp
- ANGLE_TYPE_ANGLE : mol_tags.h
- ANGLE_TYPE_SYMBOL1 : mol_tags.h
- ANGLE_TYPE_SYMBOL2 : mol_tags.h
- ANGLE_TYPE_SYMBOL3 : mol_tags.h
- ANGLEMAT_ANGLE : rwmodel_param.h
- ANGLEMAT_COMPTYPE1 : rwmodel_param.h
- ANGLEMAT_COMPTYPE2 : rwmodel_param.h
- ANGLEMAT_COMPTYPE3 : rwmodel_param.h
- ANGLEMAT_KA : rwmodel_param.h
- animateSlices() : bshow_magnify.tcl
- append_item() : linked_list.h , linked_list.cpp
- append_project() : rwmg.h , rwmg.cpp
- appendParam() : bshow_param.tcl
- APPLY_CTF : mg_processing.h
- asymmetric_unit_views() : symmetry.h , symmetry.cpp
- atom_add() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- ATOM_BFACTOR : mol_tags.h
- ATOM_CHAIN : mol_tags.h
- ATOM_CHARGE : mol_tags.h
- atom_clean_type() : rwmolecule.h , rwmolecule.cpp
- atom_count() : rwmolecule.cpp , rwmolecule.h
- ATOM_ENTITY : mol_tags.h
- ATOM_FOOTNOTE_ID : mol_tags.h
- ATOM_FRACT_X : mol_tags.h
- ATOM_FRACT_Y : mol_tags.h
- ATOM_FRACT_Z : mol_tags.h
- atom_get_array() : mol_util.h , mol_util.cpp
- ATOM_LABEL : mol_tags.h
- atom_nonbonded_forces() : mol_md.h , mol_md.cpp
- ATOM_NUMBER : mol_tags.h
- ATOM_OCCUPANCY : mol_tags.h
- ATOM_PDB : mol_tags.h
- ATOM_RESIDUE : mol_tags.h
- ATOM_RESINSERT : mol_tags.h
- ATOM_RESNUMBER : mol_tags.h
- ATOM_SEGMENT : mol_tags.h
- ATOM_SYMBOL : mol_tags.h
- ATOM_TOPTYPE : mol_tags.h
- atom_type_add() : rwatomprop.cpp , rwatomprop.h
- atom_type_kill() : rwatomprop.cpp , rwatomprop.h
- ATOM_TYPE_MASS : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_NUMBER : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_OXIDATION : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_RADIUS_BOND : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_RADIUS_VDW : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_A1 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_A2 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_A3 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_A4 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_A5 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_B1 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_B2 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_B3 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_B4 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_B5 : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SCAT_C : mol_tags.h
- ATOM_TYPE_SYMBOL : mol_tags.h
- ATOM_X : mol_tags.h
- ATOM_Y : mol_tags.h
- ATOM_Z : mol_tags.h
- autoCTFfit() : bshow_ctf.tcl
- autoScale() : bshow_scales.tcl